（五）中殿
登上階梯來到中殿，會感覺到中殿比前殿高出許多，這是為了要突顯出中殿為整座建築物最主要的地位所特別設計的。中殿呈現的是歇山重簷迴廊式，即俗稱的“太子殿”，設計者為陳己堂，他是清末傳統建築大師陳應彬的兒子。中殿的石材採用觀音石與花崗石，石柱上的題材為封神榜裏的三十六關將十八騎與金光聚仙陣，這二對石柱以雙條龍為主，稱之為“天地交泰”，在雙龍的背上刻著眾多神仙人物來作串場。仔細觀看，可看見每個人物皆栩栩如生地呈列在眼前。另有一對祖師廟的鎮廟之寶，名為“百鳥朝梅”，石柱以梅花樹為主，在樹上雕刻了百種鳥類。筆者幼時常聽李梅樹說：「梅花是國花，代表著我們的國家，而百隻鳥類，代表著各國友邦，其意為萬邦來朝，也表示我國歷史悠久文化精深，各國友邦因仰慕中華文化而棲息於梅樹上。」百鳥朝梅柱的構想來自於李梅樹，而這對石柱的設計雕刻則是自泉州來台的蔣銀墻，他是當時祖師廟的正廟頭手師傅，因為一天在廟裏的薪資為一百五十台斤的白米，在刻完中殿這三對石柱的粗坏後，即轉往他處。後來，李梅樹將鹿港來的施天福由二手升為頭手，由施工福與徒弟劉信雄共同完成這二對石柱的細部雕刻。另外在中殿裏有四對花崗石柱，這四對石材原先是用於日治時期的台灣神社（即現在台北的圓山大飯店），在民國三十四年美軍空襲時將其摧毀，後來台北市政府將石材拍賣，三峽祖師廟以當時台幣數千萬買回，石材運回祖師廟後重新以手工打造琢磨，現在柱子上刻有于右任、高拜石、賈景德、閻錫山這些書法家特地為祖師廟撰寫的對聯。
中殿的神龕在台灣光復前只是簡單的木雕裝飾，而現今在中殿的神龕，是民國七十二年由順益貿易公司林迺翁及其家人共同捐資再由祖師廟內師傅製作而成的。神龕是樟木和檜木以卡榫的方式組合而成，龕前有木柱二對，刻著封神榜的故事，而神龕上又配置有十八羅漢。寺廟裏，主神在下，羅漢在上是不合乎於禮制，所以在十羅漢之中加入釋迦牟尼佛，成為十八羅漢朝佛祖，即合乎於禮。又在神龕上半部（即網目看架）之處裝有六十盞的燈座，代表著一甲子內的六十位太歲星君，而且每一位造型與長相各異。而中殿裏眾多的神像，通通都是清水祖師，但以玻璃框內的小神像年代最悠久，祂是早期泉州人從大陸移民來台時，由開墾的百姓帶來三峽供奉的，而後方穿著紅色袈裟的神像是民國七十七年信仰祖師爺的周義宗自大陸安溪祖師廟恭請回台，據說有四百年以上的歷史，祖師廟雖已有二百多年的歷史，但因重建數次，所以現今廟內除了中殿裏的神像之外，已無早期之古物。廟雖重建，然而祖師爺卻是不變的，永遠保佑著三峽的子弟們。
在中殿內牆的上半部有三十塊的木雕，都是用千年樟木雕刻而成，上面雕著虎、獅、象及麒麟、鳳凰、白鶴、鴛鴦，雕刻的都是代表的吉祥動物，雕刻者為蕭龍章及蕭平常二師徒，這三十塊木雕與祖師廟內其他木雕不同，因為它們沒有上金箔，而以原木的方式呈現，主要是以色彩對比來突顯其重要性，在木雕上擦上透明漆以防潮濕。木雕不上有顏色的漆，最能將圖案呈現出來，但因木頭易龜裂，所以在外部的的雕刻皆上金箔以作保護，中殿內部因太陽照射不到，故以原木方式呈現。
中殿的藻井，和廟內其他的藻井不同，它以螺旋狀呈現，代表著很多種意思；如旋轉代表著輪迴與香火綿延不絕的大盤香，亦象徵庇蔭眾生的涼傘。藻井旋轉的方向為順時針方向，其意為天地之間一切萬物皆循正道而行，亦有勸人為善之意。而在藻井之內有一百零八盞燈座，代表著三十六天罡及七十二地煞。將一百零八盞燈座搭建成如意花紋狀的網目，取其意為“事事如意”。中殿內的石壁，有一部份空白，原本李梅樹請石雕師傅雕刻十八羅漢圖，但因畫稿無法取得，於是接受中殿設計者陳己堂的主張，設計者考量祖師廟內的空間並不大，如果每面牆都有雕刻就會顯得過於擁擠，所以他主張以國畫的構圖方式，利用留白來表達空間的延伸。但留白過多易顯空洞，所以使用西洋美學的色彩對比觀念來營造祖師廟的牆面。現今祖師廟中殿的牆面皆以花崗石為框，觀音山石為面，如同相框掛在牆上，這樣就不會感覺擁擠或單調，反而有清爽的感覺。
另外在中殿內有四座以銅製作而成的神像，即祖師爺在世時的四位部將，稱為張、王、蘇、李四大將軍，祖師爺成道之後，其部屬亦一同於廟內受信徒們供奉參拜，所以這四位將軍腳下各踏一朵祥雲，代表著隨祖師爺一同升天。這四位將軍的表情與之前介紹的四大王有些許不同之處，他們的表情比較寫實，而四大天王因是傳說中的人物，所以表情比較誇張，有非常明顯的對比。
在中殿外牆四個轉角處有四面牆頭牌，石雕師傅以浮雕的方式雕刻著唐明皇與楊貴妃同遊牡丹園、周敦頤賞蓮詠詩、陶淵明踏青採菊、林和靖種梅養鶴。這四面石雕不但引用了耳熟能詳的歷史人物，也代表春夏秋冬四季。在四面牆頭牌上方各置一座螺旋式的小藻井，而在藻井內配置有廿四節氣，代表四季正常運轉。由此可知千百年來百姓們對於天地間諸事，皆仰賴於信仰的神明。
在中殿外牆後方另有石柱數對，每根柱子上各有蟠龍盤繞著。在柱子下半部搭配有魚、蝦、蟹等水族類；在上半部則配有麒麟、鳳鳯、白鶴及烏龜，此為古代四靈，也代表長壽之意。因為祖師廟於道光十三年曾因地震而倒塌，所以此次重建在中殿柱子上刻著四靈，就是希望祖師廟從此屹立不搖，永遠存在。
（六）左右廂房
左右廂房約於民國七十年左右開始興建，在一樓部份，所有建材及作法皆與前殿及中殿相同，但是二樓的建材及作法則略有不同。例如二樓走廊上的柱子是以銅鑄造成，這種作法在一般寺廟裏比較罕見的。當時廟裏的主事者因師傅老成凋謝及石材取得不易，故以銅柱代替原先設計中的石柱，以因應材料短缺而衍生的困境。民國九十五年因銅柱銹蝕嚴重，董事會決定用和觀音山石色澤相近之灰京石替換。此處的木雕大都刻著隨唐演義與二十四孝的故事，可供來訪者細觀賞。
（七）銅柱
在祖師廟原本有十四對（廿八根）空心銅柱，分別樹立在左右廂房二樓各有三對，另外八對分佈在中殿的四個過水亭，為李梅樹去世前所設計並且指導藝專學生製作，但製作完成後發現銅的材質較軟，不適合支撐，安裝前又用鋼筋水泥填滿銅柱內部，後來發現桐柱易生銅銹保存不易，所以將銅柱擦上金漆，現在過水亭已將銅柱更換為青斗石柱，而二樓銅柱也於民國九十五年八月間改換為灰京石柱。
（八）虎門廳
在虎廳的牆上，以銅為材料鑄造著田單復國的火牛陣、臥薪嘗膽的勾踐與北海牧羊的蘇武，這幾幅圖案都是當時的李梅樹參考漢朝梁武祠石刻所設計的，而在虎廳裏，代表五行方位的虎壁銅塑，則是主事者李梅樹以油畫的構圖方式來呈現，所以在此處可以看到二種不同方格的銅塑壁畫。
在虎廳左邊石窗上的構樑，雕有竹子的書筒，其內裝有書卷，這代表讀書之人應守著古人所說的「志節」，而旁邊的鸚鵡則代表著「聰明」。鳳梨取其諧音表示「興旺」，葡萄取其形體代表「綿延」。可以看出人民祈求傳承的願望。
虎門外有丁治磬的書法及台灣早期唯一的女畫家陳進畫作，以及泉州石雕師傅蔣銀墻、蔣再木、張木成、施天福合力所設計及雕刻的八仙。縱貫這數十年來，祖師廟所有雕刻，皆由這些傳統師傅們以奉獻及不藏私的心，用盡了血汗，共同營造了這座美輪美奐的祖師廟，所以才有現在聞名於全世界的「東方藝術殿堂」。
（九）屋頂裝飾
在祖師廟屋頂上的裝飾，以交趾陶及剪黏作法互相穿插，交趾陶在現今的台灣社會可以說是國寶級的藝術品，而祖師廟的交趾陶作品是文建會評定為民俗藝師的林再興先生所製作，而剪黏用的材料皆以當時社會上用的玻璃碎片為主，製作者為石連池與林瑞芳。在祖師廟裏用得最多的玻璃碎片為明星花露水、黑松汽水、公賣局的琥珀色玻璃瓶和三峽婦女所用的化妝瓶或有顏色的燈泡，經過師傅的巧手而拼湊出這些活露活現的圖案，這種作法現在已很少見，也可看出當時三峽人已頗具環保概念。
